Filogenia:

Filogenia (ou filogênese) (grego: phylon = tribo, raça e genetikos = relativo à gênese = origem) é o termo comumente utilizado para hipóteses de relações evolutivas (ou seja, relações filogenéticas) de um grupo de organismos, isto é, determinar as relações ancestrais entre espécies conhecidas (ambas as que vivem e as extintas). Sistemática Filogenética, proposta por Willi Hennig, é o estudo filogenético desses grupos, geralmente com a finalidade de testar a validade de grupos e sua taxonomia. De acordo com esta abordagem, somente são aceitos como naturais os grupos comprovadamente monofiléticos. A Sistemática Filogenética é uma base sobre a qual diversos métodos foram desenvolvidos, dos quais o dominante atualmente é a Cladística.
Comumente métodos usados para deduzir filogênese incluem máxima parcimônia, máxima verossimilhança, e Inferência Bayesiana utilizando o algoritmo MCMC (Monte Carlo em Cadeias de Markov). Métodos baseados em distância constroem árvores baseadas em semelhança global que é assumida freqüentemente e que aproxima relações filogenéticas. Todos os métodos, com exceção da parcimônia, dependem de um modelo matemático implícito ou explícito que descreve a evolução dos caráters observados nas espécies analisadas, e é normalmente usado para filogenia molecular onde os nucleotídeos alinhados são considerados caráters.
Na parte final do século XIX, a teoria da recapitulação, ou a lei biogenética de Haeckel foi amplamente aceita. Esta teoria foi expressa como a "ontogenia recapitula a filogenia", isto é, o desenvolvimento de um organismo reflete exatamente o desenvolvimento evolucionário das espécies. Esta teoria perdeu apoiantes no início do século XX por ser incompatível com a evolução e com a genética, estabelecidas por Charles Darwin e Gregor Mendel, respectivamente.